Os milagres de Santo Antônio, ainda em vida, lhe valeram a canonização, em 13 de maio de 1232, apenas onze meses depois de sua morte, pelo papa Gregório IX.
Um dos milagres de Santo Antônio é relatado quando o frei pregava aos hereges em Rimini, na Itália, e estes não quiseram escutar e deram-lhe as costas.
Sem desanimar, Santo Antônio vai até a beira do rio e continua pregando, momento que ocorre um milagre, quando vários peixes se aproximam e colocam a cabeça fora d’água em ato de escuta.
Os hereges ficam tão impressionados que logo se converteram. Esse milagre é citado em várias publicações, entre elas, um sermão de Padre Antônio Vieira que é considerado uma obra-prima da literatura portuguesa.
Outro milagre de Santo Antônio é aquele que ele salva o pai da forca. Conta-se que estando o frei a pregar em Pádua, sentiu que sua presença era necessária em Lisboa.
Recolhe-se a seus aposentos, e cobre a cabeça em silêncio e reflexão. Ao mesmo tempo, se encontra em Lisboa, onde seu pai tinha sido condenado pelo homicídio de um jovem. Este, ressuscitado pelo frei, afirma a inocência de seu pai.
Após ver seu pai inocentado, Santo Antônio subitamente volta para Pádua e recomeça sua pregação. Nesse ato, ocorrem dois fatos miraculosos em um só: Esteve em dois lugares ao mesmo tempo e provou o poder de reanimar os mortos.
Outro dom de Santo Antônio só foi revelado após a sua morte, como havia pedido ao conde Tiso, que o acolheu em sua casa em Pádua. Certa noite, ao ver alguns raios de luz saindo das frestas da porta do quarto, o conde se aproximou e olhou pela fresta.
Compreendeu que se tratava de um milagre ao ver a Virgem Maria entregando o menino Jesus nos braços do frade. Enquanto ainda observava, o Menino desapareceu.
Saindo do quarto e percebendo que o conde havia presenciado a cena, pede a ele que só conte o visto após a sua morte. Por esse fato, o santo passou a ser representado carregando nos braços o Menino Jesus.